会厌囊肿患者一般情况下不会导致癌变发生，会厌囊肿是发生在会厌黏膜下的囊肿，对于微小的囊肿，可暂不做处理，密切观察就可以，较大的囊肿宜手术切除，单纯穿刺抽吸，必将复发。
推荐的手术方式是在全麻下行支撑喉镜下切除，也可用激光、微波、低温等离子等切除。
为了防止会厌囊肿发生，平时饮食清淡，避免进食辛辣刺激性食物，不要狼吞虎咽，最好细嚼慢咽，多食用容易消化、吸收、富含维生素的食品，注意口腔卫生。