脑疝引起脑干的损伤，多考虑为继发性的脑干损伤。
脑疝会导致脑组织局部的压力增高，而导致脑组织发生水肿，脑细胞发生肿胀。使得脑组织发生移位，当脑组织移位超过了一定的界限，会产生神经功能严重的障碍，因此脑疝发生后病情比较危重。
无论是颞叶沟回疝还是枕骨大孔疝都会因脑组织水肿、颅内压增高引起脑干受到压迫，而导致脑干的损伤发生。如脑干的水肿、脑干的梗塞等，从而引起相应的症状，如吞咽困难、声音嘶哑、饮水呛咳、肢体不同程度地瘫痪，更为严重时患者会出现意识障碍，甚至可能会危及到患者的生命。