如果是由于胃酸分泌过多导致的吻合口溃疡，可以使用抑制胃酸、保护胃黏膜的药物进行治疗。如果还存在幽门螺旋杆菌感染时，建议使用三联或四联疗法进行治疗，主要是使用胃黏膜修复剂、胃黏膜保护剂及两种抗生素类药物进行治疗。
如果吻合口溃疡面积比较大或者是有恶性病变时，建议再次进行手术。所以，对于吻合口溃疡的患者具体用什么药，需要在医生面诊后，根据具体的病因进行决定。
如果是轻度的吻合口溃疡，经过药物进行治疗后，作用效果比较好。但平时不注意，有可能会复发。