到目前为止恐惧症的发病原因还不是很清楚，但是我们一般是从三个方面去考虑它的原因。
首先考虑的是遗传因素，从现在的一些科学研究认为，双生子研究发现，同卵双生子比异卵双生子出现恐怖症，同病的现象会多一些。那么也就提示遗传因素可能和发病是有关系的。但也有对于恐怖症的家系研究，并没有发现双生子同病率增加的。因此，这方面似乎也没有明确的证据，来证明遗传在这个疾病当中，所出现的重要作用。
那么另外一个方面去考虑素质因素。比如说患者在发病之前的时候，他的性格大多是偏向于幼稚、胆小、害羞，而且依赖性比较强，高度的内向。
再者呢，就要从心理社会因素去考虑。比如说在发病当中，经常会取得一些比较重要作用的是什么呢？比如说，某个人遇到了车祸，然后就对乘车出现了恐惧。可能是因为在焦虑的背景上，恰巧出现了某一种情境，或者说在某一种情景当中，又发现了急性焦虑，因此而产生了恐惧感。并且固定下来，这个场景就是恐怖对象。
那么对于特殊物体的恐怖，可能和父母的教育、环境的影响，以及亲身的经历。比如说被狗咬过，也就怕狗等等有关，或者我们说一朝被蛇咬，十年怕井绳，也是这个道理。
那么心理动力学派也认为，恐怖是因为压抑的潜意识冲突的象征性作用，或者致幻作用的结果。条件反射和学习理论在这个疾病的发生的作用当中，应该说具有说服力的解释。
那么这些的话，也就是我们平时所说的恐惧症的原因，大概就是这些范围。