对于支原体感染所致的上呼吸道感染，没有必要使用抗微生物治疗。肺炎支原体肺炎具有自愈性，且大多数情况下没有生命危险。抗微生物药物的治疗将明显缩短病程，减少咳嗽及单位体积痰液所含病原体的数量，降低传播性。由于肺炎支原体没有细胞壁，所以对青霉素和头孢菌素类不敏感。
治疗肺炎支原体呼吸道感染的主要药物是大环内酯类、四环素类或喹诺酮类药物，疗程一般为10到14天。四环素抗肺炎支原体非常有效，但儿童不宜使用。红霉素因为胃肠道不良反应，临床使用也比较少。临床常用的为阿奇霉素类，阿奇霉素体外抑菌浓度比红霉素抗菌谱更广。