小儿消化不良期间需要根据症状的严重程度，进行大便常规、电解质检查、乳糖酶水平检测以及腹部彩超等检查。其中，大便常规检查主要判断是否存在细菌、真菌或病毒感染。一旦存在细菌、真菌或病毒感染，建议在医生的指导下服用蒙脱石散、抗生素、益生菌、补充消化酶类的药物，具有调整胃肠道消化系统的功能。建立肠道菌群平衡状态，有助于胃肠道对食物的消化和吸收，缓解消化不良的症状。
其次，进行腹部B超检查能够判断腹部有无肠系膜淋巴结炎、肠梗阻等。最后，血电解质检查用于判断体内各种电解质元素是否处于平衡的状态，常见缺乏的电解质有低钠血症、低钾血症和低钙血症等。一旦存在异常，要及时纠正。