肛门狭窄的病因有先天性肛门狭窄、受到外伤、肛门手术、直肠恶性肿瘤。
胚胎发育时，出现异常，会导致肛门先天性的狭窄。肛门如果受到外伤，在肛门局部会形成瘢痕，最终形成肛门狭窄。做了肛门手术，比如内痔或混合痔手术后，会造成局部的皮肤损伤过多，最终引起肛管直肠周围炎症，形成瘢痕，也可导致肛门狭窄。
直肠恶性肿瘤由于病情发展迅速，肿瘤迅速增大，对局部的组织造成浸润，导致肠腔变得狭窄，引起肛门狭窄。