窦性心律的起源未变，但节律不整，在同一导联上P-P间期差异>0.12s，称窦性心律不齐。窦性心律不齐是一种正常的生理现象，不是病，大多数属于呼吸性窦性心律不齐，常见于儿童，青年人。它的特点是随呼吸的变化而变换，吸气时心率增快，呼气时心率变慢。通常没有症状，精神紧张等因素也可能造成窦性心律不齐。
如果两次心跳之间相差较长时，可能有心悸的感觉，一般不必治疗，活动后心率增快则消失。建议被诊断为窦性心律不齐的人，可以注意一下自己心率的快慢跟呼吸之间有没有关系。只要没有任何其他症状，就不需要治疗。
此外，精神紧张等因素也可能造成窦性心律不齐，这种情况也不需要治疗。