孩子做隐睾手术有可能存在后遗症，任何手术后都有可能存在并发症。对于隐睾的手术，其术后也可能存在后遗症。
隐睾的患者保留生育能力的最晚时期，是出生后24个月，最佳治疗时间是出生后6个月到12个月。手术是治疗隐睾最主要的治疗方式，目前手术方式主要有3种：睾丸自体移植手术、腹腔镜手术治疗、开放性睾丸下降固定术，后者是最常见的主要的手术方式。
隐睾手术之后可能存在切口感染、切口裂开、不愈合、延迟愈合，隐睾手术不能降低睾丸发生恶变的危险，但是更有利于被检查。