舌咽神经痛部分患者可以慢慢好转，不过大部分患者不会自愈。舌咽神经痛会引起喉部痉挛以及心动过缓，还有早搏等症状。
对于舌咽神经痛的治疗，首先可以考虑接受药物治疗，可以使用卡马西平、苯妥英钠等抗癫痫药物治疗，还可以使用维生素B12进行肌内注射治疗。
其次，可以接受神经阻滞术治疗，可以把舌咽神经干进行封闭，一般使用1%~2%利多卡因。最后，可以接受手术治疗，可以进行舌咽神经1~2个根丝切断术治疗。