肾积水的危害与积水时间、严重程度等密切相关。
轻度的肾积水，尤其是由于输尿管结石所造成的肾积水，可导致剧烈疼痛、恶心、呕吐等症状，多数在梗阻解除后症状可减轻。
若持续时间较长，严重的肾积水可导致肾功能的损伤，早期可出现水肿、乏力等症状。随着肾功能损害的加重，可出现贫血、恶心、纳差、呕吐等症状。严重时可出现神经系统症状，如昏迷、嗜睡等。还有部分肾积水并发感染，出现寒战、高热、腰痛等症状。
肾积水应及时寻找病因，解除梗阻，减轻对肾脏组织的损伤，避免出现严重的肾衰竭。