着色芽生菌病和暗色丝孢霉病的区别，在于发病的原因和临床症状上。
从发病原因角度考虑，着色芽生菌病本身是由暗色真菌经表皮破损进入人体而导致，这种疾病主要致病的病原体有紧密着色霉菌以及疣状瓶霉和卡氏枝孢霉。而暗色丝孢霉病其主要的病因，则是由暗色孢科真菌及皮肤表皮或经口腔呼吸等因素，进入人体而引发的疾病。
而从临床症状角度考虑，着色芽生菌病会在手、足、面等暴露部位，出现一些丘疹、结节，上方会覆盖着一些褐色的结痂，也可能会出现菜花状增生。而暗色丝孢霉病则一般会在皮肤表面形成肉芽肿样的结节，好发于暴露部位，但是可能会合并一些过敏性鼻炎或者中枢神经受累。