胃肠功能紊乱需要做的检查主要包括两个：
第一，胃镜检查。胃镜检查可以明确胃内有无占位等器质性疾病，需要注意的是，在做胃镜检查时应该保持空腹。
第二，肠镜检查。肠镜检查不仅能够观察到肠道内的病变，还可以进行小息肉的切除。可以观察到肠道蠕动的过程及肠黏膜的状态，从而判断出肠功能紊乱的可能因素。做肠镜时需要服用药物进行清肠处理，有利于仔细检查。
当出现胃肠功能紊乱时，除了以上检查，医生还需要腹部查体以及相关影像学检查。