肛门里面隐隐作痛，可能和以下一些疾病有关：
首先，是感染性的疾病。包括肛窦炎、肛管炎以及直肠黏膜下脓肿，慢性的肛窦炎以及肛管炎，均可能会导致肛门里面隐隐作痛，排便时疼痛症状会有所加重。而直肠黏膜下的脓肿，如果感染症状不严重也会表现为肛门里面隐隐作痛，通过肛门指诊可明确诊断，可触及直肠黏膜局部隆起。
其次，是肛门周围的疾病。例如痔疮中的内痔、肛裂、肛乳头肥大等，当内痔局部出现感染或者循环障碍时，会引发肛门里面隐隐作痛的症状，而肛乳头肥大出现感染时也会表现为类似症状。
具体患者需要去医院就诊，进行相关检查后才能明确诊断。