小袋纤毛虫病是不能自愈的，得了小袋纤毛虫病是需要治疗的，而治疗的方法与肠道传染病相同，可以使用甲硝唑治疗。
得了小袋纤毛虫病很多患者是没有症状的，但是也有些患者会出现发热、恶心、呕吐等症状。小袋纤毛虫是一种寄生在人体内的纤毛虫，也是最大的一种原虫，这种虫是有致病性的，如果人体免疫力低下，有慢性疾病、营养不良的时候虫体会进行繁殖，导致疾病的发生。
虫体是进入人体后，容易引起阑尾炎、肠穿孔、腹膜炎等疾病，平时要注意做好预防，注意个人卫生和饮食卫生。