如果脑疝不进行手术治疗将会对脑组织造成严重的损伤，随时都有可能会使患者出现心脏骤停、呼吸停止等情况。即便使用一些药物进行了控制，也有可能会引起严重的后遗症，比如语言障碍、意识障碍等。因此在确诊为脑疝以后，应尽早地进行手术治疗。
手术的方式与引起脑疝的病因有一定关系，如果是严重脑积水所导致的脑疝，可以进行脑室外引流术，会使颅内压迅速降低，从而改善脑疝。
如果是重度的颅脑损伤所引起的脑疝，则应当进行开颅手术，进行去骨瓣减压术。在进行开颅手术时，有部分脑组织可能会肿胀膨出，可以将一些非功能区的脑叶切除，达到减压的效果。