膜增生性肾小球肾炎目前还没有一个非常有效的治疗方案，治疗主要是参照患者的临床表现，来进行不同的治疗。
一般对于肾功能正常的、无症状的尿蛋白患者，可以使用血管紧张素转化酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂。而对于合并大量蛋白尿及低蛋白血症的患者，可以考虑使用激素治疗，如果4-6个月之内尿蛋白没有明显的变化，应当停止使用，如果尿蛋白有显著下降，应当以最小的有效剂量进行维持。
如果患者突然出现肾功能急剧下降，应该进行重复肾活检，如果证实存在有细胞性新月体的形成，或者有间质性肾炎的存在，应该给予大剂量激素冲击治疗，另外也可以使用抗凝、抗血小板的药物。