大多数腺病毒感染为自限性。根据现有的临床治疗手段，腺病毒感染缺乏特异性治疗，以对症治疗和支持治疗为主。
如患者为轻症腺病毒感染人群，则治疗以营养支持，以及退热、止痛等对症治疗为主，大部分患者可自愈，病程在7~10天左右。
但如腺病毒感染出现重症状态，或者合并其他病原微生物感染，可给予抗病毒以及抗炎治疗。如合并细菌感染，可给予抗生素抗菌治疗。但患者合并脑炎、心肌炎等严重并发症，需要联合相应科室进行综合治疗。