美牙仪的副作用包括：
美牙仪通过照射牙面上涂抹的美白药物，使牙齿颜色变白。如果光照时间过长或者强度过高，产生的化学刺激会渗透进入牙体组织内部，激惹牙髓。轻者造成牙齿酸胀疼痛，重者产生尖锐的疼痛。
美牙仪会使牙齿表层的釉质结构发生变化，间隙增大，容易吸附食物或饮料中的黑色素，使牙面出现黑色斑点或斑片。
釉质长期缺少水分，逐渐变得干燥，在啃咬坚硬食物时，可能会形成裂纹。严重时，造成牙体组织崩折，产生缺损。
美牙仪不能频繁使用，否则会产生不良后果。