单纯疱疹病毒性角膜炎治疗的主要目的是抑制病毒在角膜内的复制，减轻炎症反应引起的角膜损害。不同类型的单纯疱疹病毒性角膜炎，治疗的重点有所差异：其中上皮型角膜炎是由于病毒在上皮细胞内复制增殖、破坏细胞引起的，必须给予有效的抗病毒药物来抑制病毒活性，才能有效控制病情；基质型角膜炎以机体的免疫性炎症反应为主，因此除了抗病毒外，抗炎治疗也非常重要；内皮型角膜炎，在给予抗病毒、抗炎治疗的同时，还应该采取保护角膜内皮细胞功能的措施。
常用的治疗方法有；
一、药物治疗，临床上常用的抗病毒药物有更昔洛韦、阿昔洛韦、三氟胸腺嘧啶核苷等，其中更昔洛韦因为本身的优势，已经成为抗病毒治疗的一线药物。对于严重病情、多次复发或者角膜移植术后的患者用药的时间一般不应该少于两周，角膜炎并发有虹膜睫状体炎时，要及时使用阿托品来散瞳，避免虹膜粘连，对于激素治疗，目前认为只有出现明显的免疫性炎症反应时才使用激素，而且必须同时使用抗病毒药物。
二、手术治疗，对于已经有角膜穿孔的患者，可以做穿透性角膜移植术。对于角膜炎痊愈后，形成角膜瘢痕明显影响视力的，角膜移植是复明的有效手段。
三、预防复发，单纯疱疹病毒性角膜炎非常容易复发，一般约三分之一的患者在原发感染两年内会出现复发现象。预防性的口服阿昔洛韦、更昔洛韦可以有效的降低复发率，另外控制诱发因素，对于降低复发率也非常重要。