对于嗜血细胞综合征，一般不进行脾脏的切除手术。虽然患者经常可以出现脾大，但是脾脏的切除手术，并不能缓解病人的症状。
对于原发性的嗜血细胞综合征，进行造血干细胞移植是可以根治的方法，最好是尽早进行。继发性的嗜血细胞综合征，通常要针对原发疾病进行治疗。病人如果是存在着严重的感染，需要进行抗感染治疗，存在恶性肿瘤的患者，需要对恶性肿瘤进行积极地治疗。
如果是有一些自身免疫性的疾病，也需要采取相应的治疗措施。嗜血细胞综合征的患者，还可以采用化疗的方式进行治疗，化疗药物的使用一定要按照医生的指导，在化疗期间要注意监测病人的甘油三酯、铁蛋白、血常规等指标。