小便时疼痛可能由尿道损伤、病菌感染等因素引起。
小便损伤性疼痛常发生于自我手淫性行为后，或者是长时间穿着紧身内裤。相关因素可造成性器官以及尿道不同程度损伤，排尿时尿液对损伤创面刺激，即可引发疼痛感觉。来自泌尿道上段，或者是经尿道口入侵的致病菌，导致尿道黏膜充血、水肿，小便排出时对炎性黏膜的刺激可引起尿疼。同时还可伴随排尿次数增多、排尿急迫感等。
辅助尿液常规检查，可见尿液中白细胞数量增多，或者是可见有脓细胞。