口腔内上腭疼痛与多种原因有关，一般患者需要到医院做检查，明确具体病因后治疗。
比如可能是上颌磨牙出现根尖周炎，导致局部出现脓肿而引起上腭疼痛。此时患者需要到医院开髓引流排脓治疗，并且要进行抗感染。比如口服头孢或咪唑类抗生素治疗，以免炎症加重，还要注意个人的口腔卫生。如有必要，在炎症消退以后还需要根管治疗。对于情况严重的，则要拔牙治疗。
除此之外，也有可能是口腔溃疡引起的疼痛，可采取局部用药治疗，常用药物有苯佐卡因凝胶或者是利多卡因凝胶等止痛药物，可直接涂抹在溃疡面上。