X线检查：在肝右叶脓肿，可见到右侧膈肌升高，活动受限；产气杆菌引起的肝脓肿可见液平面；左叶脓肿者钡餐检查，可见左贲门胃小弯及十二指肠移位。
B超检查：超声波探查是首选的影像学检查，对于较大的脓肿，可在脓腔见液平反射，并可协助判断脓腔部位及大小，指导临床医师做试验穿刺抽脓，还可作为非手术治疗和术后的动态观察及随访。对于多发性小脓肿超声诊断困难者，可在超声引导下进行诊断性穿刺，抽出脓液多为黄白色，由厌氧杆菌引起的脓汁有恶臭，即可证实诊断。脓汁细菌培养多属阳性。
CT检查：对肝脓肿的阳性率可达到97%，但其图像表现不一，有的表现为边界清楚的脓腔，有的则表现为边界模糊，但密度低于周围组织的不规则肿块，还缺乏较高的特异性。