做完肛瘘手术后还有可能会复发。肛瘘可分为低位肛瘘和高位肛瘘，高位肛瘘的复发率要比低位肛瘘高。低位肛瘘手术比较简单，只有一个内口和一条瘘管，可以直接做肛瘘切除术。
但高位性的复杂肛瘘由于内口和瘘管分布较复杂，做手术时必须要找到内口处理好，否则容易引起复发。术后伤口的护理也比较重要，如果伤口没有做好消毒和换药，就有可能会出现假性愈合，而导致肛瘘手术失败，从而引起肛瘘复发。
如果做肛瘘手术后没有注意肛周的清洁和饮食调理，经常大量喝酒，吃辛辣、刺激的食物，诱发肛裂、痔疮、肛窦炎等，也有可能会引起肛瘘复发。