颅咽管瘤术后可能会引起高热、视神经的损伤以及电解质的紊乱、垂体功能低下等相关的后遗症的。
颅咽管管瘤起源于下丘脑漏斗和以及垂体柄段，与周围的垂体、视神经及颈内动脉紧密的相关，手术后可能会影响到周围组织出现相应的症状。如下丘脑损伤会引起高热、电解质的紊乱、尿崩症的发生，视神经损伤可能会导致视力的减退或丧失，垂体的受损会出现垂体功能发生低下。
颅咽管瘤术后亦会发生颅内感染、脑脊液漏等后遗症的发生，治疗上需引起重视并给予相应的处理。