肝素诱导性血小板减少症，可能与免疫机制有关，部分人体内可以出现一种特异性抗体，该抗体可以与肝素复合物结合。肝素诱导性血小板减少症，伴发血栓抗体是因为肝素复合物与血小板表面的受体结合。
免疫复合物可以激活血小板，产生促凝物质。表现的症状有暂时性血小板减少或持久性血小板减少。如果血小板数目不低于50×109/L，而且无明显临床症状，则可以继续应用肝素治疗。
一般血小板数目可以自行恢复，当血小板数目小于50×109/L或者有血栓形成的表现时，才停用肝素治疗。若发生严重的血小板减少，伴随血栓形成，可进行血浆置换。