肛乳头瘤癌变的概率非常低，可以忽略不计。在临床上有个案报道，报道肛乳头瘤导致癌变而形成直肠癌，但并没有确切的依据证明此直肠癌就是由于肛乳头瘤恶变而来。
虽然肛乳头瘤并不会癌变，属于良性疾病，但对于突出肛门的肛乳头瘤还是建议手术治疗。
因为肛乳头瘤会在排便时脱出，而且便后并无法自行回纳肛门，患者需用手托回，反复的脱出就有可能会导致肛乳头瘤出现糜烂，而出现疼痛、出血等症状，所以建议肛乳头瘤患者及时行手术治疗。