不同原因所引起的尿液分叉，处理方法也不一样。
如果是生理性因素所引起的尿液分叉，比如憋尿时间过久或者是性生活后，都可能会短暂地出现尿分叉，一般没有其他临床症状，也不需要进行特殊的治疗。
如果是慢性前列腺炎所引起的尿分叉，主要是使用药物进行治疗，比如左氧氟沙星、前列舒通胶囊等，也可配合进行手法按摩以及温水坐浴，有助于慢性前列腺炎疾病的康复。如果是急性尿道炎所引起的尿分叉，主要是使用抗菌性的药物进行调理，比如环丙沙星、阿奇霉素、头孢地尼等。