包皮环切手术也是会有后遗症，只是相对于其他的手术，包皮环切术后的后遗症或者是并发症要少一些，术后早期的并发症多见于术后的出血、术后血肿、术后伤口裂开、术后伤口出现感染等情况。
而术后远期的并发症，有可能会有术中切除的包皮过多导致术后勃起后疼痛，或者是勃起后阴茎出现弯曲。手术中使用丝线结扎血管，术后出现线头反应，严重的会形成硬结。但是在手术的过程中只要操作规范，以及术后加强换药以及术后的护理，可以尽最大限度的减少以上并发症出现。
目前随着包皮环切器的使用，术中不再使用丝线进行结扎止血，术后出现线头反应这种并发症也逐渐减少。