结核性溃疡是可以通过药物或手术的方式来进行治疗的。
药物治疗方法是最初是要口服利福平，还有异烟肼以及吡嗪酰胺、乙胺丁醇这几种药物，需要持续服用两个月，之后药物调整为利福平和异烟肼即可。在口服药物的过程中，还需要进行局部治疗使用外用软膏涂抹患处。手术治疗的方法是在发现早期以及溃疡面比较小的时候，可以直接的手术切除。但是手术过程中要注意，最外层的纤维组织要保持完整，切记切口不要污染，否则伤口会愈合比较慢。
手术的治疗虽然速度比较快，但是愈后切除位置会有明显的瘢痕会影响到通畅。