在临床当中外伤性颈内动脉海绵窦瘘的并发症来讲发生最严重的就是脑出血的情况。因为这种脑出血，它并不支持单单的外伤性的脑出血。更有可能是因为静脉内压力增高，从而造成了颅内血流异常而造成的脑出血。因为一定要理解颈动脉海绵窦瘘的本质，它的本质就是颈动脉窦内动脉血直接流入到了静脉血，所以这个时候的压力是非常高的，而且波动非常的大。如果再有一些其他的异常因素合并的话，很容易造成大脑其他部位出现了一定的出血的反应，所以这个是非常严重了，甚至如果说是更加多的出血，有可能直接就会造成患者的死亡。这个一定要注意而且在一部分时候如果大量的出血是需要紧急进行开颅手术，才能保住患者的基本生命安全。
第二个就是癫痫的发生。因为外伤性颈动脉海绵窦瘘，很容易造成颅内的异常的改变，从而形成了异常的放电过程。这种方面的过程就很有可能会造成大脑的异常的情况，从而造成癫痫，也就是四肢抽搐。口吐白沫等等，则需要及早的进行相应的抗癫痫类药物治疗。这样可以有效的缓解后期不良反应的发生。
第三个就是肺部的感染。很多的外伤性颈动脉海绵窦瘘的患者都伴随着肺部的感染和误吸。这个时候及早的应用抗生素以及震荡排痰等一系列的治疗措施，减少肺部感染的发生。非常有助于后期及早的改善临床预后。