牙源性皮瘘的治疗需要去除病因，必须对引起病变的患牙进行治疗，需要先拍片检查，评估严重程度。
如果病变范围不大比较局限，还有保留价值，可以进行患牙的根管治疗，然后定期拍片观察，必要时需要手术切除皮肤瘘管。如果病变较大，也需要将病灶牙拔除并扫刮瘘管，去除病变肉芽组织，促进皮瘘的愈合。
总而言之，对于牙源性皮瘘的治疗，必须从病灶牙入手。否则，患牙不接受治疗，如保牙的根管治疗或者拔牙治疗，是难以完全愈合。