患者出现化脓性扁桃体炎，并且伴有发烧的状况，就需要进一步吃一些抗生素类的药物。常用青霉素类以及头孢菌素类抗生素，比如阿莫西林胶囊、头孢丙烯片等，部分患者也需要酌情口服一些甲硝唑、替硝唑等抗厌氧菌药物。
患者如果发烧体温较高时，也需要酌情使用一些退烧药物，比如布洛芬胶囊等。为促进扁桃体炎症更快更好地恢复，也常常可以联合使用一些有清热解毒功效的中成药物，常用蒲地兰口服液、喉咽清口服液等。
如果扁桃体化脓感染程度较重，口服药物难以有效控制，就往往需要进一步输液抗感染治疗。