阿米巴结肠炎根据临床表现不同分为以下类型:
无症状的带虫者，患者虽然受到溶组织内阿米巴的感染，但阿米巴原虫仅作共栖存在，不产生症状，在适当条件下可侵袭组织引起病变出现症状。
急性非典型阿米巴结肠炎，发病较缓慢，无明显全身症状，可有腹部不适，仅有稀便，有时腹泻，每日数次。
急性典型阿米巴肠病，起病缓慢，以腹痛、腹泻开始，大便次数逐渐增加，每日可达10~15次之多，便时有不同程度的腹痛与里急后重，大便带血和粘液，多呈暗红色或紫红色，糊状具有腥臭味。
急性爆发性阿米巴结肠炎，起病急剧，全身营养状况极差，中毒症状显著，高热、寒战、谵妄、腹痛、里急后重明显、大便为脓血便，有恶臭，也可呈水样或泔水样便，每日可达20次以上，伴呕吐，虚脱，有不同程度的脱水与电解质紊乱。
慢性迁延性阿米巴结肠炎，通常为急性感染的延续，腹泻与便秘交替出现，病程持续数月，甚至数年不愈，在间歇期间可以健康如常。