男性生殖器畸形包括睾丸畸形、输精管畸形、阴茎异常以及前列腺、精囊腺先天畸形。睾丸畸形又包括无睾症、单睾丸、多睾丸、睾丸先天萎缩、发育不全以及睾丸畸胎瘤。
输精管畸形又会分为先天性的缺失、重复输精管以及与输尿管相交通等多种情形。阴茎异常则会分为大小异常和位置异常的情况，大多是和其他的畸形一起出现，例如阴茎完全缺失，这种情况大多会和尿道畸形合并。
还有前列腺发育不全的情况，大多是和其他性器官的发育不全同时存在，而患有前列腺囊肿就会出现排尿困难的并发症。