反复发烧、浑身关节疼痛的主要原因如下：
首先，出现反复发烧、反复关节疼痛常见于细菌感染性疾病。当引起菌血症或败血症的时候，会出现全身的症状，例如呼吸系统疾病发病的时候会出现咳嗽、咳痰、胸闷、气短、全身关节疼痛。
应选用有效的抗生素进行抗感染治疗，必要的时候要做药敏试验，没有条件的可选用广谱抗生素覆盖细菌，同时使用退热药物和物理降温。全身症状严重的，必要的时候还可以选择肾上腺皮质激素，减轻全身的炎性反应。
真菌性感染的时候也会出现全身反复发烧、关节疼痛的，应选择抗真菌的药，同时停用抗生素。