导致怀孕3个月肚子疼的原因不同，处理方法也不一样。
如果是生理性的肚子疼痛，比如子宫增大以后会对周围的韧带造成牵拉，就会出现腹部疼痛的症状，疼痛通常以钝痛和隐痛为主。应当多休息，并且合理膳食，通常会自行缓解，不会造成太大影响。
如果肚子疼痛还伴有阴道出血，并且出血量逐渐增多，应当警惕为先兆流产。应及时就医进行检查，确诊后进行保胎治疗。如果肚子疼还伴有腹泻、高热等症状，可能是存在急性胃肠炎，应在医生指导下使用相应抗感染药物进行治疗。