男性尿分叉要根据病因选择药物治疗，必要时手术治疗。
生理性的尿分叉，例如夜间喝水过少，腺体分泌物糊住尿道口造成晨起排尿分叉，这种现象不用治疗，多喝水就可以缓解。前列腺增生造成的尿分叉，可以服用非那雄胺、坦索罗辛缓释胶囊等药物治疗，促进前列腺体积缩小，能改善尿分叉。经过药物治疗，效果不明显，也可以采取尿道前列腺切除术治疗。
前列腺炎造成的尿分叉，在明确细菌的类型后，可以给予敏感的抗生素。结合利尿通淋的中药，常用的药物有左氧氟沙星、头孢克肟、前列舒通胶囊等药物治疗，控制炎症，能改善尿分叉。