脑积水对大脑的影响主要表现为限制大脑发育、诱发智力障碍。也就是说脑积水患儿可能会存在智力问题，长大后学习方面会产生困难、计算能力差，即使是简单的计算也难以正确完成。
如果脑积水对视觉中枢造成压迫，会导致视觉神经受损，诱发视力障碍，严重者可引起失明。
如果对支配运动功能的脑组织造成压迫，会导致运动障碍，影响患儿正常走路，甚至可诱发严重的脑瘫症状，致使患儿不能走路，生活不能自理。此外，脑积水可能会损伤患者的脑神经，引起癫痫发作。