肠内营养的并发症主要包括三大类，第一类是机械性并发症，第二类是反流误吸与吸入性肺炎，第三类是胃肠道性并发症。
机械性并发症包括导管的移位，导管置入了气管内。再一个就是喂养管阻塞，专用的肠内营养导管的直径都比较细，如果长时间应用容易发生阻塞，尤其是应用高浓度配方的肠内营养制剂时更容易发生。
反流误吸与吸入性肺炎是指胃内容物反流进入气管内引起的肺炎，是肠内营养最严重的一个并发症。误吸多发生在胃排空不良以及存在严重腹胀的患者，尤其是在昏迷、咳嗽或者吞咽反射减弱的患者，更容易发生吸入性肺炎。为了避免吸入性肺炎的发生，在进行肠内营养的时候，可以把床头抬高30°~45°，可以明显降低误吸的发生。
胃肠道性的并发症包括恶心、呕吐、腹胀、腹泻、便秘和肠坏死等。