慢性上颌窦炎的治疗，主要以鼻腔局部治疗和全身治疗两种方式为主：
首先，鼻腔的治疗。可以先选用盐酸羟甲唑啉鼻喷雾剂等减充血剂类型的药物，或者是布地奈德鼻喷雾剂等糖皮质激素类的药物进行局部用药，尝试减轻充血肿胀的黏膜对窦口的堵塞开放上颌窦口，促进上颌窦腔内的脓液排出。如果不能有效排出，可选择通过穿刺排脓的方式进行局部治疗。
其次，可以口服青霉素或头孢菌素等广谱抗生素类药物，进行全身性的抗炎抗感染的治疗，可有效的避免炎症的蔓延。