目前对于引发口腔菜花状乳头瘤病的病因尚不明确，通常认为与遗传因素、环境污染、饮食污染以及乳头瘤病毒感染有关。
如果直系亲属中有人患过此病，其后代患有此病的风险比较高。如果日常生活的环境中经常出现严重的环境污染或者饮食污染，也容易诱导此病的发生。
当感染乳头瘤病毒后，人身体的各个部位都有可能会长出疣状物，而人的口腔粘膜也不例外，也会长出这种菜花样的疣状物。持续的高危型乳头瘤病毒感染，具有一定的恶变倾向，很有可能会引发口腔癌，因此需要及早进行治疗。