真菌性角膜炎要从根本上治疗本病，才能够有彻底消肿的可能。
一方面要根据具体感染的真菌类型给予抗真菌性治疗，例如两性霉素、那他霉素、氟康唑、利福平等药物联合应用。
另一方面要根据症状，采取眼周的局部热敷，促进血液循环和病理产物的消散，可有效缓解肿胀。如果患者存在虹睫炎的症状，应及时给予阿托品散瞳，以防止虹膜粘连等并发症。部分真菌性角膜炎的病症，已经深入角膜的深层，需尽量清除溃疡面和脓肿，避免感染的扩大。