良性畸胎瘤的症状和畸胎瘤发生的位置有关，畸胎瘤的发生位置多靠近人体中线的两侧。
畸胎瘤可以发生于颅内，可以导致颅内压的升高，患者可以表现为头痛、恶性、呕吐的症状。如果畸胎瘤位于松果体的位置，可以造成动眼神经造成压迫，患者可以表现为双眼不能上抬。
松果体畸胎瘤还可以影响性激素的分泌，患者可以出现性早熟的症状。良性畸胎瘤还可以发生于女性的卵巢，卵巢畸胎瘤多无明显得症状，如果发生卵巢囊肿蒂扭转，可以突然发生腹痛的症状。