目前肾囊肿并没有特别的治疗手段，没有可以口服的药物进行治疗。
肾脏囊肿的治疗主要是看肾囊肿的大小如何、数目多少。一般对于直径比较小的肾囊肿并不需要治疗，因为小囊肿不会对肾脏有压迫的作用，也不会对肾脏结构起破坏的作用，不会导致肾功能下降的出现，也不会有腰酸腰痛的症状，所以只需要观察就可以。
如果肾囊肿的直径比较大，大于4厘米以上，可以选择在B超引导下肾囊肿穿刺抽液，然后注射硬化剂治疗，这种治疗方法比较好，创伤比较少，恢复快，患者可以立马下床活动。当然如果肾囊肿的直径大于6厘米以上，而且腰痛非常厉害，可以选择外科手术治疗，比如腹腔镜下囊肿去顶减压术，疗效好，很少复发。