打完疫苗第三天后发热是正常现象，多是由于疫苗不良反应所致。可以根据体温高低做恰当的对症处理，如服用退热药物。但是体温一般不会超过38.5°C，通过喝水、注意休息，一般可自行退热。
如果打完疫苗第三天后出现发烧，特别是出现高烧，多和疫苗本身无关。有可能是因为注射疫苗后恰巧合并病毒、细菌感染导致。
建议到医院完善相关检，比如行血常规、尿常规、血沉、C-反应蛋白、降钙素原、血糖、肝肾功能等。根据病情酌情选择相关感染性疾病的检查项目，如出血热抗体、肥达氏反应等。