肾盂脓肿的患者的临床症状，主要包括泌尿系统的局部症状和全身性感染中毒症状。
肾盂囊肿的患者主要因为化脓性细菌感染，或者是结核杆菌感染所引起的。如果是化脓性细菌感染引起的，这一类型的患者会出现腰部酸痛、酸胀，并且还会出现尿频、尿急、尿痛等泌尿系统刺激症状。除此以外，患者还会出现反复的高热不退、倦怠乏力、血常规提示白细胞居高不下、尿常规当中也有比较多的白细胞。
如果是结核杆菌感染引起的患者的泌尿系统症状，和化脓性细菌感染比较类似，但是全身症状还会出现反复的低热、消瘦、盗汗，特别在午后比较多见。