治疗心肌炎的药物也跟心肌炎的病程有关。
在心肌炎的早期可以选择一些抗病毒的药物治疗，比如干扰素等等，在病情危重的时候可以根据患者的具体情况，适当选用糖皮质激素，比如氢化可的松或泼尼松等等。
心肌炎引起的心律失常需要用相应的抗心律失常的药物治疗，比如对于快速型心律失常可以选择美托洛尔等β受体阻滞剂，也可以选择胺碘酮等。对于缓慢型心律失常可以选择阿托品、心宝丸等。心肌炎引起的心脏功能不全，可以选择扩张冠状动脉的药物，比如硝酸酯类的药，也可以选择利尿剂，比如氢氯噻嗪来降低心脏负荷。心肌炎还可以选择一些改善心肌代谢的药物，比如果糖、辅酶Q10等等，也可以选用含有黄芪的中药治疗。