肠上皮化生有两种意义，一种是在显微镜下诊断患者是否有萎缩性胃炎，属于一种病理诊断。还有一种是指慢性胃炎时，胃黏膜胃黏膜上皮转变为小肠或大肠胃黏膜上皮组织，是一种转化过程。
对于医生，肠上皮化生多是前面这种意义。萎缩性胃炎是一种病变，常与幽门螺杆菌感染有关，若确诊后可以使用一种抗生素和铋剂配合治疗，疗程为七到十四天。
根除幽门螺杆菌后，再配合一些中成药继续治疗一年以上，然后就可以进行胃镜复查，取一些胃黏膜组织在显微镜下观察肠上皮化生的好转程度，以此来评估癌变的风险。